針對企業(yè)過去存在的涉稅問題，稅務(wù)部門在處理時(shí)更注重公正公平。企業(yè)以往年度的涉稅問題，如存在或被發(fā)現(xiàn)，將按照相關(guān)規(guī)定進(jìn)行處理，主要包括補(bǔ)繳稅款和繳納滯納金。若涉嫌偷逃稅，將依法追究行政和刑事責(zé)任。這一變革確保了企業(yè)不會因?yàn)闅v史問題而影響其享受2025年度的加計(jì)扣除優(yōu)惠政策。

關(guān)于研發(fā)費(fèi)用的加計(jì)扣除，財(cái)稅〔2025〕119號文件為企業(yè)提供了追溯享受的期限，即如果企業(yè)在2025年后未及時(shí)享受該項(xiàng)優(yōu)惠，仍可在三年內(nèi)追溯享受。這一政策變動為企業(yè)提供了更多的時(shí)間和空間來理解和利用政策。但企業(yè)也應(yīng)注意，盡管政策口徑有所放寬，但從財(cái)務(wù)和現(xiàn)金管理的角度看，盡早享受稅收優(yōu)惠無疑更為有利，這不僅能減少資金占用，還能降低后續(xù)可能面臨的爭議和法律風(fēng)險(xiǎn)。

對于稅務(wù)機(jī)關(guān)來說，稅總函〔2025〕685號文件要求其在接到企業(yè)問題和投訴后的10個工作日內(nèi)予以解決，這體現(xiàn)了稅務(wù)部門對提高服務(wù)效率、優(yōu)化征納關(guān)系的重視。而企業(yè)在享受稅收優(yōu)惠的也需要提高合規(guī)性，從研發(fā)項(xiàng)目的管理、研發(fā)費(fèi)用的準(zhǔn)確歸集到輔助賬的設(shè)置等方面，都要增強(qiáng)風(fēng)險(xiǎn)防范意識。

與之前的國稅發(fā)〔2008〕116號文件相比，財(cái)稅〔2025〕119號文件在研發(fā)費(fèi)用加計(jì)扣除政策上做了重大調(diào)整，包括擴(kuò)大受益范圍、簡化核算管理以及提供追溯享受的機(jī)會。企業(yè)要充分利用這些政策便利，減少涉稅風(fēng)險(xiǎn)，首先需要了解申報(bào)程序，充分準(zhǔn)備備案及留存?zhèn)洳橘Y料。要合理歸集人員人工費(fèi)用，編制研發(fā)人員工時(shí)分配表。

新的稅收政策為企業(yè)創(chuàng)新提供了更大的動力和支持。企業(yè)應(yīng)當(dāng)深入理解并運(yùn)用這些政策，提高自身的競爭力。保持良好的稅企互動，提高合規(guī)性，降低涉稅風(fēng)險(xiǎn)，是實(shí)現(xiàn)持續(xù)健康發(fā)展的關(guān)鍵。偽原創(chuàng)文章如下：

為了更好地滿足這一要求，我們提出以下建議：

一、完善對研發(fā)人員的管理。建議企業(yè)設(shè)立專門的研發(fā)部門或確定研發(fā)項(xiàng)目組成員，并留存相關(guān)的審批設(shè)立文件以備稅務(wù)核查。編制研發(fā)人員工時(shí)分配表，確保人員人工費(fèi)用的合理歸集。若科技人員同時(shí)參與多個研發(fā)項(xiàng)目或同時(shí)承擔(dān)生產(chǎn)等其他崗位工作，應(yīng)編制工時(shí)分配表，根據(jù)實(shí)際參與項(xiàng)目的工時(shí)合理分配工資、薪金等費(fèi)用。

在法律方面，《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》第三十條規(guī)定，企業(yè)的研究開發(fā)費(fèi)用可以在計(jì)算應(yīng)納稅所得額時(shí)加計(jì)扣除。對于APP收費(fèi)，作為企業(yè)的一項(xiàng)收入，應(yīng)被正確計(jì)入收入科目，并在會計(jì)賬簿中得到清晰反映。正確記錄APP收費(fèi)有助于企業(yè)了解盈利情況，并為決策提供依據(jù)。

企業(yè)應(yīng)根據(jù)相關(guān)法規(guī)和要求，完善研發(fā)費(fèi)用管理，確保研發(fā)費(fèi)用稅前加計(jì)扣除的合規(guī)性，同時(shí)清晰反映各項(xiàng)收入來源，以展示企業(yè)的經(jīng)營成果。以上內(nèi)容僅供參考，具體執(zhí)行需結(jié)合企業(yè)實(shí)際情況和相關(guān)法律法規(guī)進(jìn)行。